Pada masa ini, Lord Sandwich, bersama-sama dengan Presiden Persatuan Diraja, Sir Joseph Banks, telah menyokong penubuhan sebuah tanah jajahan British di New South Wales.[30] Sebuah tanah jajahan akan banyak membantu Tentera Laut British dalam memudahkan serangan ke atas pemilikan Sepanyol di Chile dan Peru, seperti yang rakan usaha sama Bank, James Matra, Kapten Sir George Young dan Sir John Call tegaskan dalam cadangan bertulis mengenai perkara ini. Kerajaan British mengambil keputusan untuk menduduki apa yang kini Australia dan menjumpai tanah jajahan Botany Bay pada pertengahan 1786. Lord Sydney, sebagai Setiausaha Negara bagi Pejabat Dalam Negeri, adalah menteri yang bertanggungjawab, dan pada September 1786 beliau melantik Phillip sebagai komodor armada iaitu untuk mengangkut banduan dan tentera yang menjadi peneroka baru ke Botany Bay. Apabila tiba di sana, Philip akan mengambil alih kuasa Kapten Jeneral dan Gabenor Ketua tanah jajahan baru. Koloni tambahan pula perlu diasaskan di Pulau Norfolk, seperti yang dicadangkan oleh Sir John Call, untuk mengambil kesempatan bagi tujuan tentera laut iaitu mendapatkan pokok flaks dan kayu asli pulau itu.

Pada bulan Oktober 1786, Phillip telah dilantik kapten HMS Sirius dan dinamakan Gabenor lantikan New South Wales, tanah jajahan British yang dicadangkan di pantai timur Australia, oleh Lord Sydney, Setiausaha Dalam Negara.

Phillip mempunyai masa yang sangat sukar mengumpulkan armada bagi membuat pelayaran lapan bulan ke Australia. Semua yang tanah jajahan baru mungkin perlukan harus dibawa, kerana Phillip tidak tahu hal sebenar apa yang mungkin beliau dapati apabila beliau sampai di sana. Terdapat sedikit sahaja dana yang ada untuk melengkapkan ekspedisi. Cadangan beliau untuk memasukkan orang-orang yang berpengalaman dalam bidang pertanian, bangunan dan kraf telah ditolak. Sebahagian besar 772 banduan (daripada mereka 732 terselamat dalam pelayaran) ialah pencuri kecil dari kawasan miskin London. Phillip telah diiringi oleh satu kontinjen tentera marin dan segelintir pegawai yang bersama-sama untuk mentadbir tanah jajahan.

11 buah kapal First Fleet belayar pada 13 Mei 1787. Kapal yang mengepalai, HMS Supply sampai di Botany Bay mendirikan khemah di Semenanjung Kurnell,[31] pada 18 Januari 1788. Phillip memutuskan bahawa tapak ini, dipilih atas perakuan Sir Joseph Banks, yang mengikuti James Cook pada tahun 1770, tidak sesuai, kerana ia mempunyai tanah kurang subur, tidak selamat untuk berlabuh dan tiada sumber air yang boleh dipercayai. Selepas beberapa penerokaan Phillip memutuskan untuk pergi ke Port Jackson, dan pada 26 Januari marin dan banduan mendarat di Sydney Cove, yang Phillip namakan sempena Lord Sydney.

Gabenor New South Wales

Tidak lama selepas mendarat dan membina penempatan di Port Jackson, pada 15 Februari 1788, Phillip menghantar Leftenan Philip Gidley King dengan 8 orang lelaki merdeka dan beberapa banduan untuk mewujudkan tanah jajahan British kedua di Pasifik di Pulau Norfolk. Ini sebahagiannya sebagai tindak balas kepada ancaman dilihat kehilangan Pulau Norfolk kepada Perancis dan sebahagiannya untuk mewujudkan satu sumber makanan alternatif untuk tanah jajahan baru.

Hari-hari awal penempatan itu adalah huru-hara dan sukar. Dengan bekalan terhad, penanaman makanan adalah penting, tetapi tanah di sekitar Sydney tidak subur, iklim adalah asing, dan lebih-lebih lagi sangat sedikit daripada banduan mempunyai sebarang pengetahuan pertanian. Tanah jajahan berada di ambang kebuluran secara terang-terangan untuk tempoh yang panjang. Pasukan Marin, yang kurang disiplin diri dalam banyak kes, tidak berminat dalam mendisiplinkan banduan. Hampir serta-merta, Phillip terpaksa melantik penyelia dari kalangan barisan banduan untuk mendapatkan yang lain bekerja. Ini adalah permulaan proses pembebasan banduan yang berkemuncak dalam pembaharuan Lachlan Macquarie selepas 1811.

Phillip menunjukkan dalam cara-cara lain yang beliau mengakui bahawa New South Wales tidak boleh dijalankan hanya sebagai kem penjara. Lord Sydney, sering dikritik sebagai tidak cekap dan tidak berkesan, telah membuat satu keputusan asas tentang penempatan iaitu untuk mempengaruhinya dari awal. Berbanding hanya mewujudkan sebagai penjara tentera, beliau memperuntukkan bagi pentadbiran awam, dengan mahkamah undang-undang. Dua banduan, Henry dan Susannah Kable, berusaha untuk menyaman Duncan Sinclair, kapten Alexander, kerana mencuri harta benda mereka semasa pelayaran. Banduan di Britain tidak mempunyai hak untuk mendakwa, dan Sinclair telah dengan bongkaknya bahawa dia tidak boleh disaman oleh mereka. Walaupun begitu, mahkamah memihak kepada plaintif dan mengarahkan kapten untuk membayar ganti kerugian sepenuhnya ke atas kehilangan harta benda mereka.[32]

Di samping itu, tidak lama selepas Lord Sydney melantik beliau sebagai Gabenor New South Wales, Arthur Phillip merangka memorandum terperinci rancangannya untuk tanah jajahan baru yang dicadangkan. Dalam satu perenggan beliau menulis: "Undang-undang di negara ini [England] sudah tentu, akan diperkenalkan di [New] South Wales, dan ada satu yang saya ingin wujudkan dari saat angkatan Baginda menduduki negara ini: Bahawa tidak ada sebarang perhambaan dalam tanah bebas, dan seterusnya tiada hamba."[33] Walau bagaimanapun, Phillip percaya kepada disiplin; hukuman sebat dan hukuman gantung adalah perkara biasa, walaupun Philip meringankan banyak hukuman mati.

Phillip juga terpaksa mengguna pakai dasar ke arah orang asli Eora, yang tinggal di sekitar perairan Pelabuhan Sydney.[2] Phillip memerintahkan mereka mesti juga dirawat, dan sesiapa membunuh orang Asli akan digantung. Phillip berkawan dengan seorang lelaki Eora dipanggil Bennelong,[2] dan kemudian membawanya ke England. Di sebuah pantai di Manly, salah faham timbul dan Phillip telah ditombak di bahu: tetapi beliau mengarahkan orang-orangnya untuk tidak bertindak balas.[34] Phillip cuba memenangi kepercayaan Eora, walaupun mereka masih bimbang terhadap peneroka. Tidak lama kemudian, satu penyakit yang getir, cacar yang dipercayai dari peneroka berkulit putih, dan lain-lain wabak penyakit Eropah diperkenalkan, melanda penduduk Eora.

Masalah utama Gabenor adalah dengan pegawai tenteranya sendiri, yang mahu geran tanah yang luas, yang Phillip tidak diberi kuasa untuk memberinya. Skurvi berlaku, dan pada Oktober 1788 Phillip terpaksa menghantar Sirius ke Cape Town untuk bekalan dan catuan yang ketat telah diperkenalkan, dengan kecurian makanan dihukum gantung. Arthur Phillip memetik "Keadaan hidup perlu dipertingkatkan atau orang saya tidak akan bekerja keras, jadi saya telah membuat kesimpulan bahawa saya perlu sewa pakar bedah untuk memperbaiki banduan."

Menstabilkan tanah jajahan

Phillip bertegas bahawa tiada tindakan balas perlu diambil untuk membalas dendam bagi yang ditombak. Banduan John MacIntyre telah parah ditombak semasa ekspedisi memburu oleh orang asli yang tidak diketahui nampaknya tanpa provokasi. MacIntyre bersumpah di atas ambang kematiannya yang dia tidak menyakiti mereka, tetapi pegawai marin Watkin Tench mencurigai tuntutan itu. Tench telah dihantar dalam ekspedisi menghukum tetapi mendapati tiada Orang Asli selain daripada Bennelong tidak mengambil tindakan.[35]

Phillip, semakin kecewa dengan beban mendukung tanah jajahan dan penderitaan kesihatannya, meletak jawatan tidak lama selepas episod ini.[36][37]

Menjelang 1790 keadaan telah stabil. Penduduk kira-kira 2,000 orang telah ditempatkan secukupnya dan makanan segar sedang bertumbuh. Phillip memberikan banduan, James Ruse, tanah di Rose Hill (kini Parramatta) untuk mewujudkan pertanian yang betul, dan apabila Ruse berjaya beliau menerima geran tanah yang pertama di tanah jajahan. Banduan lain mengikuti contohnya. Sirius telah rosak pada Mac 1790 di penempatan satelit Pulau Norfolk, menghalang Phillip daripada mendapat bekalan penting. Pada Jun 1790 Armada Kedua tiba dengan beratus-ratus lagi banduan, kebanyakan mereka terlalu sakit untuk bekerja.

Menjelang Disember 1790 Phillip bersedia untuk kembali ke England, tetapi tanah jajahan telah sebahagian besarnya telah dilupakan di London dan tiada arahan datang kepadanya, maka beliau teruskam. Pada tahun 1791 beliau telah dimaklumkan bahawa kerajaan akan menghantar dua konvoi banduan setiap tahun, ditambah bekalan yang mencukupi. Tetapi pada bulan Julai, apabila kapal-kapal Armada Ketiga mula tiba, dengan 2,000 banduan, makanan sekali lagi tidak mencukupi, dan dia terpaksa menghantar kapal Atlantic ke Calcutta untuk bekalan.[38]

Menjelang 1792 tanah jajahan telah ditubuhkan dengan baik, walaupun Sydney kekal sebagai himpitan pondok kayu dan khemah yang tidak dirancang. Industri penangkapan ikan paus telah ditubuhkan, kapal telah melawat Sydney untuk berdagang, dan banduan yang hukuman mereka telah tamat telah terlibat dalam pertanian. John Macarthur dan pegawai-pegawai lain telah mengimport bebiri dan mula menternak dan mengumpul bulu. Tanah jajahan masih sangat kekurangan petani, tukang dan pedagang mahir, dan banduan terus malas bekerja, walaupun mereka bekerja terutamanya untuk menanam makanan mereka sendiri.

Pada akhir 1792 Phillip, yang kesihatannya semakin menderita, melepaskan jawatan gabenor dan belayar kembali ke England di atas kapal Atlantic, membawa bersamanya banyak spesimen tumbuhan dan haiwan. Beliau juga membawa Bennelong dan rakannya Yemmerrawanne, satu lagi Orang Asli muda Australia yang, tidak seperti Bennelong, akan tewas kepada cuaca England dan penyakit dan tidak hidup lama untuk kembali semula. Penduduk Eropah New South Wales pada pemergiannya ialah seramai 4,221 orang, yang mana 3,099 orang ialah banduan. Tahun-tahun awal tanah jajahan ialah tahun perjuangan dan kesusahan, tetapi yang terburuk telah berakhir, dan tidak ada kebuluran lagi di New South Wales. Phillip tiba di London pada Mei 1793. Beliau meletakkan jawatan secara rasmi dan telah diberi pencen sebanyak £ 500 setahun.[39]